1、环境效益：人的粪便是回归自然的有机肥资源，同时也是分布广泛的污染源。改建后的无害化卫生厕所既能够积肥，又能使粪便无害化处理、消除污染。因此，改厕是环境保护的措施之一。
2、社会效益：农村改厕可增强人民群众卫生意识，提高健康水平；卫生厕所便利（沼气式还可增加能源）、卫生、安全，提高了家庭生活质量，促进新农村发展，改厕是小康村、文明村、卫生村、生态村的一个重要指标，是两个文明建设的重要组成部分，安全的环境卫生是一种“质量的投资”，因为安全的环境卫生能造就更健康、更聪明的儿童，提高下一代人口质量。
3、卫生效益：改厕主要的卫生效益是消除粪便污染、减少霍乱、痢疾、伤塞、病毒性肝炎等肠道传染病和血吸虫、钩虫等寄生虫病。